Puedes actualizar tu versión de Mach3 sin miedo, eso no afecta la licencia, las versiones mas nuevas del programa corrigen pequeños fallos, con respecto a lo que comentas sobre que 5 unidades en tu máquina creo que esta mal, verás mach3 puedes configurarlo para que trabaje tanto en milímetro y pulgadas pero no en centímetros asi que si tu das un orden como: x +5 para mover 5 unidades en sentido positivo el eje X entonces los motores están mal calibrados ya que con esa orden tu máquina debería de moverse 5 milímetros o 5 pulgadas según como la tengas configurada, para corregir esto de una manera sencilla puedes usar la calibración automática de mach3.
Para hacer esto solo tienes que elegir que unidades piensas utilizar en tu maquina PULGADAS ó MILIMETROS, ahora ve a la pestaña SETTINGS luego clic en el botón SET STEPS PER UNIT, escojes el eje que quieres calibrar por ejemplo el eje X y le dices que se mueva por ejemplo 10 unidades, (pueden ser positivas o negativas) Ahora físicamente en tu máquina pon una marca con un lápiz o marcador en donde se encuentra ese eje en ese momento, ahora le das Ok y el eje se moverá... cuando el eje termine de moverse simplemente mides con una cinta métrica desde la marca que pusiste con el lápiz hasta donde terminó de moverse el eje, Mach3 te preguntará que cuantas unidades se movió ese eje, tu le pones las que te haya marcado la cinta métrica y listo con eso mach3 hace la corrección automática para que todo quede bien calibrado.
NOTA: lo ideal es que cuando calibres tu máquina pongas la mayor cantidad de unidades que puedas, me explico: si tu eje X tiene una carreta LIBRE total de 40 pulgadas lo mejor es que antes de calibrar te lleves ese eje hasta su extremo y cuando lo calibres pon la mayor cantidad de unidades que puedas sin que haya riesgo de que tu eje valla a colisionar en el otro extremo, puedes usar por ejemplo unas 35 pulgadas, asi será mas precisa la medición que si solo lo hicieras con por ejemplo 5 o 10 unidades.
Espero haberme explicado correctamente, saludos y suerte con tu máquina.