Hola, yo no tengo experiencia con fresadoras pero conozco un poco la teoría de como funciona dicha función, según tengo entendido por algunos post que he leído y algunos videos en youtube, consiste en que para que mach3 pueda conocer la altura de la herramienta que vas a utilizar (ya sea broca, fresa, lima rotativa etc.) necesitas fabricarte o compararte una especie de sensor... ahora he visto videos de maneras de utilizarlos:
la primera es colocar dicho sensor en alguna zona dentro del área de trabajo de tu fresadora, generalmente es una esquina apartado para que no estorbe durante el trabajo cotidiano, luego mediante un script programas mach3 para que sepa en que coordenadas esta el sensor luego baje el eje Z hasta que la herramienta toca el sensor de se detiene y con esto mach3 sabe ahora la altura de dicha herramienta.
La otra manera que he visto es que el sensor lo dejan suelto como una especie de moneda conectada a un cable y lo ponen encima del material a trabajar y bajan el eje Z también hasta que la herramienta toca el sensor con esto sabes que altura tiene el material con respecto a la herramienta para que establezcas el cero.
Espero haberme dado a entender comoquiera te invito a que busques (AUTO TOOL ZERO) en youtube vienen muchos videos relacionados con el tema para que te des una idea de como funciona y como lo puedas implementar en tu maquina, saludos!