te aconsejos que verifique los datos en Motor Tunning, lo ideal es que muevas por ejemplo en MDI una longitud del 50% del largo total de la mesa, tanto en X como en Y y luego haz lo mismo en Z, para verificar que no tienes erro en el seteo. Movelos con medidas redondas, ejemplo 300, 500, 1000mm de acuerdo a tu máquina y luego comprueba que se movio esa distancia pedida, si está todo OK, puede ser un problema del Gcode, o a pulsos que se están escapando electricamente..