Felicidades tienes un muy buen equipo, y para ser tu primera máquina te quedó muy bien, por lo que veo y lo que comentas has de tener muy poca velocidad de avance, por la velocidad que comentas que alcanzas me parece que ya no le podrás sacar mas velocidad a los motores ya que están trabajando a demasiadas revoluciones, por mas que le muevas a los micropasos y a la configuración de mach3 los motores a pasos tienen un limite de RPM y si intentas pasar ese limite se genera ese ruido que comentas como la perdida de pasos también, es cierto lo que comentas que otros usuarios tienen equipos mas chicos y que alcanzan mas velocidades, pero los motores a pasos tienen un limite parecido en sus RPM sean chicos o sean grandes, así ellos alcanzan mas velocidad ya sea por el paso de sus tornillos o sencillamente por que los motores chicos tienen un poco mas de RPM que los motores grandes, otro factor que te limita a las RPM es el peso de tu máquina, esta muy bien echa pero si esta algo pesada. A mi consideración y por el torque más que suficiente de tus motores, el único problema de tu máquina es el paso de los tornillos, creo que son algo lentos, pero te repito es solo mi opinión pero para aumentar la velocidad se me ocurren varias maneras:
Software... esta es la solución mas "económica" ya que no tienes que sustituir elementos de tu máquina... pero por lo que mencionas casi seguro que esta opción queda descartada, entonces tendrás que seguir una de las siguientes alternativas...
Trasmisión... puedes instalar un dispositivo que te permita multiplicar la velocidad de tus motores, pude ser un servo-reductor ó un sistema de poleas y banda dentada que es mucho mas barato, te adjunto un par de imagenes de ejemplo, pero estos ejemplos son para reducir la velocidad, tu en tu caso, tendrías que buscar la relación correcta de multiplicación según tus necesidades.
Motores... sustituir los motores a pasos por servomotores ya que los motores a pasos tienen unas RPM algo bajas comparadas con las RPM que alcanzan los servomotores, si instalaras servomotores en lugar de motores a pasos tendiras muchísima mas velocidad sin necesidad de modificar el resto de componentes de tu máquina, pero bueno son alago caros y solo lo menciono de pasada, aunque añado que ésta a mi consideración y por el tipo de maquina que tienes seria la mejor opción
Tornillos... sustituir los tornillos que actualmente tienes por tornillos con un paso "más rápido" esta es algo cara también pero puede ser una buena opción si dispones de los recursos para hacerlo.
Espero haber sido de ayuda, suerte con tu máquina muy buen trabajo, saludos desde Nuevo León, México