Si, puedes configurar cualquier función de Mach3 e incluso ejecutar algún código en VisualBasic, es muy configurable, pero... ok que se necesita para hacer eso?
1. Si ya tienes joystick puedes hacer pruebas con el directamente sin desarmarlo, y si no tienes pues compra uno no son caros, incluso hay unos Bluetoot que son mas cómodos por aquello de los cables.
2. Instala el plugin que te adjunto, con el podrás configurar tu joypad a tu gusto, incluso el plugin soporta combinaciones de teclas (por ejemplo supongamos que ya asignaste una función a cada botón y aun así te faltan funciones por asignar pues qui puedes usar la combinación de botones para realizar diferentes acciones).
Hasta aquí tu Joypad debe de ser funcional, pero si lo que quieres es hacer un tablero personalizado para tu máquina puedes usar el método que usé yo, que es el siguiente:
Yo desarmé mi Joypad y donde va cada botón soldé unos cables luego esos cables los conecte a botones ARCADE de esos que tienen un microswitch, no tengo fotos de mi joypad desarmado pero en este enlace puedes ver alguien que hizo lo mismo pero el para usa el tablero para Juegos.
http://foros.3dgames.com.ar/lavant-garde.90/540632.worklog-joystick-arcade-para-pc.html